◆源泉徴収あり、なしの「特定口座」
　特定口座については「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の２種類あり、いずれも証券会社が上場株式等の取得日や取得価額の管理、譲渡損益の計算をしてくれます。特定口座は源泉徴収選択の有無に関係なく、1証券会社につき1口座しか開設できませんが、複数の証券会社ごとに開設できます。
　源泉徴収選択特定口座については、証券会社が譲渡所得や配当所得に係る税金を源泉徴収するので、確定申告を行う義務は免除されます。源泉徴収なしの特定口座については、証券会社から翌年1月末に送られてくる特定口座年間取引報告書を使った申告・納税手続きを行う必要があります。

◆「一般口座」の場合
　特定口座以外のものを一般口座といいます。一般口座では、証券会社は上場株式等の取得日や取得価額の管理、譲渡損益の計算などをしてくれませんので、取引ごとに送られてくる取引報告書を整理し、自分で年間取引報告書を作り確定申告をすることになります。
　なお、一般口座の場合には、受渡日が平成23年であっても、約定日が平成22年中である場合には、確定申告をすることにより「約定日基準」を適用できます。

◆損失の繰越には特定・一般の区別なし
　源泉徴収選択口座において赤字が出ていても、上場株式等の譲渡損失の３年繰越しの適用には確定申告書の提出が要件となっています。
　なお、複数の源泉徴収選択口座が有る場合には、それぞれの口座について、確定申告を行うか否かを選択することができます。

◆損失の繰越の申告の留意点
　もし、源泉徴収選択口座で損失の生じた年分について、その損失を除外して、医療費控除等を受けるための還付申告等を含め、何らの確定申告を行っていた場合には、源泉徴収選択口座について、確定申告を行わない選択をしたということになりますので、あとから損失繰越の手続きをすることができません。
　ただし、専業主婦やサラリーマンなどの場合で、確定申告手続きを何もしていなかったときには、期限後申告書を５年以内に提出することにより、上場株式等に係る譲渡損失の３年繰越しの特例を受けることができます。